یکی از نمونه‌های بارز عقلانیت امام خمینی(ره) در مواجهه با مسائل دیپلماتیک، واکنش ایشان به پاسخ غیرمتعارف شهید رجایی، رئیس‌جمهور وقت به پیام تبریک فرانسوا میتران، رئیس‌جمهور فرانسه است.
آن زمان مسعود رجوی به تازگی از ایران به فرانسه فرار کرده بود و برای همین در پاسخ ایران پاریس مرکز ثقل ضدانقلاب نامیده شده بود که در ترجمه، به اشتباه پاریس مرکز جهنم ضدانقلاب بیان شد که گویی ایران می‌خواهد پاریس را جهنم کند! طبعاً پاسخ ایران واکنش‌های منفی بین‌المللی به دنبال داشت.
از سویی این پاسخ، که از منظر عرف دیپلماتیک ناپسند بود، با اعتراض امام مواجه شد. کیومرث صابری فومنی، مشاور فرهنگی وقت رئیس‌جمهور درباره تذکر امام در آن زمان از قول شهید رجایی می‌نویسد: «امام به من گفتند که یک کسی به تو تبریک گفته است، تبریک عرض می‌کنم، تو به عنوان یک مسلمان باید بگویی متشکرم، تو چه جوری می‌زنی تو دهان رئیس جمهور یک مملکت؟ ادب‌مان کجا رفته است؟!»
امام خمینی(ره) به‌عنوان یک رهبر مذهبی، تفاوت نقش خود را با یک مقام سیاسی مانند رئیس‌جمهور تبیین کردند و به رجایی یادآوری نمودند که رئیس‌جمهور باید به عرف سیاسی عمل کند، نه اینکه با توهین و تندی پاسخ دهد.
هیجان‌زدایی از انقلاب
امام خمینی(ره)، هرچند بنیانگذار انقلابی دینی بودند، اما انقلابی‌گری را مترادف با هیجان‌زدگی و اقدامات غیرعقلانی نمی‌دانستند. ایشان در هر گام از مسیر انقلاب، عقلانیت و توجه به مصالح مردم حفظ کردند. امام در قیام 15 خرداد، با سخنرانی تاریخی در مدرسه فیضیه، ضمن افشای روابط پنهانی شاه با اسرائیل، به او نصیحت کردند: «آقا! من به شما نصیحت می‌کنم؛ دست بردار از این کار‌ها... اگر دیکته می‌دهند دستت و می‌گویند بخوان، در اطرافش فکر کن.» این نصیحت، نه از سر احساسات، بلکه با هدف بیداری شاه و جلوگیری از سقوط او بیان شد، نشان‌دهنده عقلانیتی بود که به جای تخریب، اصلاح را نشانه گرفته بود. حتی در اوج مبارزه هم امام از روش‌های مسلحانه که گروه‌های چپ مانند چریک‌های فدایی خلق و مجاهدین خلق پیش گرفته بودند، حمایت نکردند. ایشان به جای خشونت، بر آگاهی‌بخشی و حضور مسالمت‌آمیز مردم تأکید داشتند و معتقد بودند حکومتی مشروع است که بر پایه رضایت عمومی و نه زور و استبداد شکل گیرد.
فرمان حفظ وحدت
در سطح سیاستمداران و مسئولان نظام نوپای جمهوری اسلامی، بروز اختلافات امری دور از ذهن نبود اما مواجهه امام و توصیه‌های جدی به حفظ وحدت در جامعه اسلامی، ایران را از این پیچ‌های حساس عبور داد. بعد از آنکه بنی‌صدر در میانه جنگ، با سایر ارکان نظام اختلافات جدی پیدا می‌کند، امام در فروردین سال 60 فرمانی هفت ماده‌ای صادر می‌کنند که در بخش زیادی از آن تأکید بر حفظ وحدت و پرهیز از اختلاف‌افکنی در جامعه است. در بخشی از این فرمان، آمده: «بر جمیع سخنرانان، چه در محیط‌های باز و چه بسته و تمام نویسندگان، تکلیف حتمی و شرعی است که حتی به طور اشاره و کنایه، از گفتار و نوشته‌های اختلاف‌انگیز اجتناب نمایند که امروز اختلاف برای امت اسلامی، سم کشنده است.» و در ادامه هم می‌نویسند: «از عموم ملت عزیز می‌خواهم که از شایعه‌ها که از طرف گروه‌های وابسته به رژیم سابق و یا ابرقدرت‌ها پخش می‌شود، بی‌اعتنا بگذرند و به اکاذیب آنان گوش نکنند. اکنون که مخالفین انقلاب از توطئه‌های گذشته مأیوس شده‌اند، به شایعه‌سازی و دروغ‌پردازی کمر بسته و می‌خواهند مردم را از این راه مأیوس کنند و کشور را به دامان چپ و یا راست بکشانند.»
اهمیت حفظ این وحدت و فاصله گرفتن از اختلاف منجر شد امام در ابتدا حتی با تشکیل حزب جمهوری اسلامی هم مخالفت کند و سپس با توضیحات آقایان هاشمی و بهشتی، اجازه تأسیس آن را بدهند. صادق طباطبایی در توضیح علت این مخالفت می‌نویسد: «علت مخالفت امام با تشکیل حزب جمهوری اسلامی، به نظر من بیشتر به حضور شخصیت‌های بنیانگذار مربوط می‌شود تا تشکیل یک حزب اسلامی. امام عقیده داشتند چهره‌هایی که نامشان در بیانیه تشکیل حزب آمده، به عموم مردم تعلق دارند. اگر آن‌ها به یک حزب محصور شوند، طبعاً در رقابت‌های سیاسی از حوزه تأثیر خود می‌کاهند.» در سال‌های بعد از انقلاب و با بروز اختلافات سیاسی در جامعه اسلامی، اهل سیاست مورد تذکر امام قرار می‌گرفتند؛ موضوعی که آیت‌الله خامنه‌ای در اشاره به آن گفتند: «امام بزرگوار از روز اول روی یکی از چیز‌هایی که همیشه تکیه می‌کرد، مسئله اتحاد بود. بعضی‌ها با یکدیگر سر مسائل جناحی، مسائل سیاسی اختلاف پیدا می‌کردند. امام به این‌ها نهیب می‌زد و می‌گفت هرچه فریاد دارید، بر سر آمریکا بزنید...»
